Tra le specie Natura 2000 presenti nel Golfo di Trieste, oltre a cetacei e tartarughe marine, una delle specie più attentamente monitorate è Pinna nobilis, specie inserita nella Lista Rossa dell’IUCN anche a causa delle diffuse morie causate da un batterio che sta deciamando questo mollusco in tutto il Mediterraneo e che dal 2019 ha raggiunto anche il Golfo di Trieste. Costanti attività di monitoraggio vengono condotte anche per le numerose specie di avifauna marina protetta, quali marangoni dal ciuffo, beccapesci, strolaghe e sterne. Il monitoraggio delle specie e habitat di interesse comunitario ci concentra infine sulla distribuzione delle praterie di fanerogame marine Cymodocea nodosa nel Golfo di Trieste, che qui sono in forte regressione dal 2015.
Oltre alle attività di censimento e monitoraggio, vengono condotti progetti per il ripristino di alcune specie a rischio scomparsa dalla Riserva e dal Golfo di Trieste. È il caso, in particolare, delle foreste marine a Cystoseira, un’alga ormai quasi scomparsa dal Golfo, oggetto del progetto europeo LIFE ROC-POPLife finalizzato a ricolonizzare i fondali della Riserva, ripristinando non solo un paesaggio subacqueo in indubbio valore estetico ma anche un habitat di elevato pregio naturalistico noto per la fornitura di preziosi servizi ecosistemici.
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